按微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：
（1）通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養(yǎng)的供應(yīng)量，包括土壤和生產(chǎn)環(huán)境中植物營養(yǎng)元素的供應(yīng)總量和植物營養(yǎng)元素的有效供應(yīng)量，導(dǎo)致植物營養(yǎng)狀況的改善，進而產(chǎn)量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。
（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關(guān)鍵作用導(dǎo)致作物增產(chǎn)，但是其中微生物生　命活動的關(guān)鍵作用不限于提高植物的元素營養(yǎng)供應(yīng)水平，包括了它們所產(chǎn)生的植物生長刺激素對植物的刺激作用，促進植物對營養(yǎng)元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導(dǎo)致產(chǎn)量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復(fù)雜。但隨著研究的深入發(fā)展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學的歸屬、分類。